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                      基因组所在猪的组织特异性调控元件研究中取得进展

                      2021-12-02 12:00:00来源:

                      【字体:

                        

                        近日,基因组所动物功能基因组学创新团队在《遗传学前沿(Frontiers in Genetics)》杂志上发表了题为“A Comparative Analysis of Super-enhancers and Broad H3K4me3 Domains in Pig, Human and Mouse Tissues”的研究论文。该研究比较分析了猪、小鼠和人的6个组织中的超级增强子以及H3K4me3宽峰,对猪的组织特异性元件特征做了进一步解析,也为猪基因转录调控研究提供了重要的分子素材。

                       

                      图| 猪、人和小鼠6个不同组织中超级增强子以及H3K4me3宽峰比较分析

                       

                        目前有不少研究发现,超级增强子和H3K4me3宽峰能定义鼠和人的组织身份(tissue identity),但是针对猪中这些调控元件的特征研究却甚少。

                       

                        该研究通过整合猪6个组织的转录组和表观组数据,鉴定了猪不同组织的超级增强子和H3K4me3宽峰,并与人和小鼠的调控元件进行了比较分析。该研究发现,与人和小鼠相似,同普通增强子和H3K4me3窄峰相比,猪中超级增强子和H3K4me3宽峰具有较高的组织特异性。同时,该研究对猪中超级增强子和H3K4me3宽峰邻近基因进行了富集分析,分析结果显示这些基因的功能与组织身份(tissue identity)相关。另外,该研究鉴定到猪不同组织中有55~182个(5%~17%)超级增强子和99~309个(8%~16%)H3K4me3宽峰是功能保守的,因为这些调控元件在人和小鼠中具有直系同源超级增强子和H3K4me3宽峰。与前人研究结果不同的是,该研究发现超级增强子比H3K4me3宽峰能够更有效的定义组织身份(tissue identity)。该研究有利于了解猪中组织特异性调控元件的特征,也有助于后续猪转录调控研究。

                       

                        基因组所博士后彭艳玲为论文第一作者,Yubo Zhang研究员为通讯作者。该研究得到国家青年科学基金,中国博士后基金,以及深圳市自由探索项目的资助。

                       

                        文章全文链接:

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